Спустя три года после начала «Пятилетней миссии» «USS Энтерпрайз» прибывает на новейшую Звёздную Базу Федерации Йорктаун после не очень удачной дипломатической миссии. Джим Кирк, считая что он капитан только из-за долга перед отцом, собирается получить звание вице-адмирала и стать новым комендантом базы, оставив корабль своему старпому, коммандеру Споку. Именно в это время на базу прилетает повреждённый корабль с инопланетянкой по имени Калара. Она говорит, что её корабль и экипаж застряли на Алтемиде, которая находится вне поля действия радаров Флота из-за электромагнитного воздействия местной туманности. Кирк принимает решение лететь через туманность. Вскоре корабль атакуют.